在 Web 服务器文档目录中包含活动内容（如脚本和可执行文件）有时被认为是不安全的做法。如果由于某些配置错误，脚本没有被执行而是作为普通 HTML 文档显示，这可能导致知识产权或安全信息（如密码）泄露。因此，许多系统管理员更倾向于为仅通过 PHP CGI 访问的脚本设置另一个目录结构，从而始终解释这些脚本，而不是将其显示为普通 HTML 文档。
此外，如果前面部分描述的确保请求不被重定向的方法不可用，则需要设置一个与 Web 文档根目录不同的脚本 doc_root。
您可以通过配置文件中的配置指令 doc_root 或设置环境变量 PHP_DOCUMENT_ROOT 来设置 PHP 脚本文档根目录。如果设置了该变量，PHP 的 CGI 版本将始终使用此 doc_root 和请求中的路径信息构建要打开的文件名，因此您可以确保没有脚本在该目录之外执行（除了下面的 user_dir）。
另一个可在此处使用的选项是 user_dir。当 user_dir 未设置时，控制打开的文件名的唯一因素是 doc_root。打开类似 http://my.host/~user/doc.php 的 URL 不会导致在用户主目录下打开文件，而是导致在 doc_root 下打开名为 ~user/doc.php 的文件（是的，一个以波浪号 [~] 开头的目录名）。
如果 user_dir 设置为例如 public_php，则类似 http://my.host/~user/doc.php 的请求将打开用户主目录下名为 public_php 的目录中的名为 doc.php 的文件。如果用户的 home 为 /home/user，则执行的文件为 /home/user/public_php/doc.php。
user_dir 展开独立于 doc_root 设置进行，因此您可以分别控制文档根目录和用户目录访问。